D

$A$、元素的概念是具有相同核电荷数（即核内质子数）的一类原子的总称。故正确；
$B$、元素周期表中，元素的原子序数与该元素原子核电荷数在数值上相同，故正确；
$C$、同种元素的原子核内质子数一定相等，中子数不一定相等，故正确；
$D$、在物质发生化学变化时，原子的种类不变，元素种类也不会改变，故不正确。
故选：$D$。