D

$A$、分子是由原子构成的，物质是由元素组成的，故$A$说法错误；
$B$、氨$(NH_{3})$是由氢元素与氮元素组成，不存在氨元素，故$B$说法错误；
$C$、氯化钠是由钠离子与氯离子构成的，符号分别为$Na^{+}$、$Cl^{-}$，故$C$说法错误；
$D$、铁是由铁原子构成的，由原子构成的物质，原子是保持其化学性质的最小粒子，因此保持铁的化学性质的最小粒子为铁原子，故$D$说法正确。
故选：$D$。