D

①物质按含有物质种类的多少可分为纯净物与混合物，是并列关系，故此选项错误。
②含氧化合物不一定是氧化物，氧化物一定属于含氧化合物，所以含氧化合物包含着氧化物，故此选项正确，
③化合物是由多种元素组成，单质是由一种元素组成的纯净物，是并列关系，故此选项错误。
④元素分为金属元素和非金属元素，所以金属元素和非金属元素，属于并列关系，故此选项正确，
⑤基本反应类型包括化合反应、分解反应、置换反应、复分解反应，所以化合反应与分解反应属于并列关系，故此选项错误。
故选：$D$。