D

$A$.由一种成分组成的物质为纯净物，由两种或两种以上成分组成的物质为混合物，二者为并列关系，故错误；
$B$.由两种或两种以上物质反应生成一种物质的反应为化合反应，由一种物质转化为两种或两种以上物质的反应为分解反应，二者属于并列关系，故错误；
$C$.空气的主要成分有氧气，氮气、二氧化碳、稀有气体等，空气和稀有气体元素属于包含关系，故错误；
$D$.物质与氧气发生的反应为氧化反应；有的化合反应属于氧化反应，如碳在氧气中燃烧生成二氧化碳，有的化合反应不属于氧化反应，如二氧化碳与水反应生成碳酸，化合反应和氧化反应属于交叉关系，故正确；
故选：$D$。