D

$A$.相同元素组成的$CO$和$CO_{2}$，二者的分子种类不相同，结构也不相同，故$A$错误；
$B$.实验剩余试剂应放入指定容器，不能放回原容器，否则会导致试剂被污染，故$B$错误；
$C$.氧气不具有可燃性，不能作为燃料，故$C$错误；
$D$.氢氧燃料电池将化学能转化为电能，故$D$正确。
故选：$D$。