D

$A$.黑火药由$C$、$S$、$KNO_{3}$三种物质组成，不存在黑火药分子，故$A$错误；
$B$.黑火药的三种成分混合后，各自保持各自的化学性质，故$B$错误；
$C$.黑火药燃烧后，碳元素以二氧化碳的形式存在，碳原子的存在形式发生了改变，故$C$错误；
$D$.黑火药燃烧前后，原子的种类和数目保持不变，故$D$正确。
故选：$D$。