B

$A$、红磷燃烧消耗氧气，瓶内气压减小，在大气压的作用下，量筒中的水倒吸入烧瓶，形成“喷泉”现象，故$A$正确；
$B$、燃烧结束恢复到室温后，瓶内的气压应小于起始气压，因为红磷燃烧消耗氧气，使瓶内的气压减小，故$B$错误；
$C$、实验的原理是利用瓶内外的压强差，与瓶内水的量无关，所以瓶内水的量对测定结果没有影响，故$C$正确；
$D$、消耗的氧气体积为$71mL$，瓶内起始空气体积为$\left(562-40\right)mL$，所以体积分数为$\frac{71mL}{522mL}\times 100\%=13.6\%$，故$D$正确；
故选：$B$。