C

根据题意，该物质由两种元素组成，一个分子中有三个原子。
$A$、$O_{2}$是由一种元素组成的，故选项错误。
$B$、$MgO$是由$2$种元素组成的，且$1$个分子由$2$个原子构成，故选项错误。
$C$、$NO_{2}$是由$2$种元素组成的，且$1$个分子由$3$个原子构成，故选项正确。
$D$、$NH_{3}$是由$2$种元素组成的，且$1$个分子由$4$个原子构成，故选项错误。
故选：$C$。