C

①镁原子失去$2$个电子后形成镁离子，所以核电荷数相同，故正确；
②镁原子失去$2$个电子后形成镁离子，所以核外电子数不相等，故错误；
③镁原子失去$2$个电子后形成镁离子，它们电子层结构不相同，故错误；
④镁原子失去$2$个电子后形成镁离子，电子的质量很小，所以质量几乎相等，故正确；
⑤镁原子失去$2$个电子后形成镁离子，所以质子数相等，故正确；
⑥镁原子失去$2$个电子后形成镁离子，镁离子最外层电子数为$8$，所以$Mg^{2+}$比$Mg$稳定，故正确。
故选：$C$。