B

$A$、化学变化有新物质生成，其本质是分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，说法正确；
$B$、催化剂的质量在反应前后不变，但反应前后质量不变的物质不一定是该反应的催化剂，还需要看其是否能改变化学反应的速率，其化学性质在反应前后是否发生改变，说法错误；
$C$、将火柴梗平放入蜡烛火焰中约$1s$后取出，探究火焰哪层温度最高，说法正确；
$D$、实验后的废液集中处理，符合绿色化学理念，说法正确。
故选：$B$。