C

$A$、嫦娥石是由嫦娥石分子构成的，$1$个嫦娥石分子由$46$个原子构成，故选项说法错误。
$B$、$1$个嫦娥石分子中含有$9$个钙原子、$28$个氧原子，钙、氧原子个数比为$9:28$，故选项说法错误。
$C$、嫦娥石是由钙、钠、镁、磷、氧五种元素组成的，故选项说法正确。
$D$、嫦娥石中钙、钠、镁、磷、氧五种元素的质量比为$\left(40\times 9\right):23:24:\left(31\times 7\right):\left(16\times 4\times 7\right)=360:23:24:217:448$，则其中氧元素的质量分数最大，故选项说法错误。
故选：$C$。