A

$A$、水是由水分子构成的，过氧化氢是由过氧化氢分子构成的，分子是保持物质化学性质的最小粒子，因此水和过氧化氢的化学性质不同，故$A$正确；
$B$、硫燃烧生成二氧化硫气体，装置内的压强几乎不变，因此不能用硫燃烧的方法测定空气中氧气的含量，故$B$错误；
$C$、化合反应只生成一种物质，但是只生成一种物质的反应不一定是化合反应，如氧气生成臭氧，不属于化合反应，故$C$错误；
$D$、由不同种分子构成的物质是混合物，但混合物不一定是由不同种分子构成的，如铁粉与铜粉组成的混合物中含有的是不同种原子，故$D$错误。
故选：$A$。