（1）①水是由水分子构成，则保持水化学性质的最小粒子为水分子；
②水银是由汞原子构成，则水银温度计受热液柱上升，是由于温度升高，汞原子之间的间隔变大；
$(2)$汞是由汞原子构成，水是由分子构成，则①为原子，②是分子；
$(3)$①若$B$粒子带一个单位的负电荷，则$X=2+8-1=9$，而$9$号元素为氟元素，则$B$粒子为氟离子，符号为$F^{-}$；
②$D$粒子最外层电子数为$7$，大于$4$，在化学变化中易得电子；$C$图质子数和核外电子数不相等，为离子，对应的原子核外电子排布为$2$、$8$、$2$，则共有三个电子层，则位于元素周期表第三周期。
故答案为：
$(1)$①水分子；②汞原子之间的间隔；
$(2)$①原子；②分子；
$(3)$①$F^{-}$；②得；三。

（1）①水是由水分子构成，则保持水化学性质的最小粒子为水分子；
②水银是由汞原子构成，则水银温度计受热液柱上升，是由于温度升高，汞原子之间的间隔变大；
$(2)$汞是由汞原子构成，水是由分子构成，则①为原子，②是分子；
$(3)$①若$B$粒子带一个单位的负电荷，则$X=2+8-1=9$，而$9$号元素为氟元素，则$B$粒子为氟离子，符号为$F^{-}$；
②$D$粒子最外层电子数为$7$，大于$4$，在化学变化中易得电子；$C$图质子数和核外电子数不相等，为离子，对应的原子核外电子排布为$2$、$8$、$2$，则共有三个电子层，则位于元素周期表第三周期。
故答案为：
$(1)$①水分子；②汞原子之间的间隔；
$(2)$①原子；②分子；
$(3)$①$F^{-}$；②得；三。