B

$A$、原子是由质子、中子、核外电子构成的，但并不是所有的原子中都含有中子，如普通氢原子中没有中子，故$A$说法错误；
$B$、分子、原子和离子都可以直接构成物质，如水是由水分子构成的，铁是由铁原子构成的，氯化钠是由钠离子与氯离子构成的，故$B$说法正确；
$C$、带正电荷的微粒不一定是阳离子，也可能是质子，故$C$说法错误；
$D$、分子由原子构成，分子一定比构成它的原子大，但分子不一定比原子大，如氧原子比氢分子大，故$D$说法错误。
故选：$B$。