D

$A$、①自行车链条可采用涂油的方法隔绝氧气和水，起到防锈效果，正确；②钙是人体含量最高的金属元素，错误；③分子是保持物质性质的一种粒子，正确，故不符合题意；
$B$、①点燃可燃性气体前要验纯，防止发生爆炸，正确；②高层住户室内起火，不可立即打开门窗通风，可能会使火势变大，错误；③一氧化碳难溶于水，室内放一盆水不能防止一氧化碳中毒，故不符合题意；
$C$、①稀盐酸显酸性，能使紫色石蕊溶液变红，正确；②构成原子的微粒包括原子核和电子，都带电荷，错误；③溶液稀释前后，溶质的质量不改变，错误，故不符合题意；
$D$、①太阳能、风能、地热能是人们正在利用和开发的清洁能源，正确；②为了保护水资源，应该合理使用化肥，正确；③用$pH$试纸能查出溶液的酸碱度，能够区分正常雨水和酸雨，正确，故符合题意；
故选：$D$。