（1）澄清的石灰水在空气中放置一段时间后表面会出现一层浑浊是因为空气中有二氧化碳，能与石灰水中的氢氧化钙反应生成难溶性的碳酸钙；
$(2)$根据化学反应前后元素种类不变化，空气中可用来制氮肥的气体是氮气；
$(3)$酥脆的饼干放在空气中一段时间后变软，说明空气中含有水蒸气，酥脆的饼干吸收水分而变软。
故答案为：（1）二氧化碳；
$(2)$氮气；
$(3)$水蒸气。

（1）澄清的石灰水在空气中放置一段时间后表面会出现一层浑浊是因为空气中有二氧化碳，能与石灰水中的氢氧化钙反应生成难溶性的碳酸钙；
$(2)$根据化学反应前后元素种类不变化，空气中可用来制氮肥的气体是氮气；
$(3)$酥脆的饼干放在空气中一段时间后变软，说明空气中含有水蒸气，酥脆的饼干吸收水分而变软。
故答案为：（1）二氧化碳；
$(2)$氮气；
$(3)$水蒸气。