C

$A$、净制，又称“净药材”，指药材通过挑选、清洗，达到规定精度的标准，该流程没有新物质生成，涉及物理变化，故$A$说法错误，不符合题意；
$B$、切制，将净药材切成一定规格的厚度、粒度，该流程中只是形状的改变，没有新物质生成，涉及物理变化，故$B$说法错误。不符合题意；
$C$、炮制，对净制或切制后的净药材进行炒制、蒸制、煮制等，该流程中有新物质生成，涉及化学变化，故$C$说法正确。符合题意；
$D$、包装、入库，该流程没有新物质生成，涉及物理变化，故$D$说法错误，不符合题意；
故选：$C$。