D

$A$、常温常压下水是无色透明的液体，选项正确；
$B$、农药化肥的不合理使用，特别是过度使用会污染水源和土壤，进而污染农作物，选项正确；
$C$、水是由氢元素和氧元素组成的，选项正确；
$D$、沉淀、过滤只能除去水中不溶杂质，而水中的可溶性杂质没有去除，得到的是混合物，不是纯水，选项错误。
故选：$D$。