C

$A$、辣椒碱是由辣椒碱分子构成的，$1$个辣椒碱分子由$49$个原子构成，故选项说法错误。
$B$、辣椒碱中碳、氢、氮、氧四种元素的质量比为$\left(12\times 18\right):\left(1\times 27\right):\left(14\times 1\right):\left(16\times 3\right)=216:27:14:48$，则辣椒碱中氮元素的质量分数最小，故选项说法错误。
$C$、辣椒碱是由碳、氢、氮、氧四种元素组成的，故选项说法正确。
$D$、辣椒碱中碳、氢元素的质量比为$\left(12\times 18\right):\left(1\times 27\right)\neq 2:3$，故选项说法错误。
故选：$C$。