D

$A$.绿色出行，践行“低碳生活”理念既能节约化石能源，又能减少污染物的排放，故$A$利于环境保护；
$B$.秸秆粉碎还田，增加了土壤有机质含量，秸秆中的有机物被土壤中微生物分解，产生二氧化碳和无机盐，提高了土壤肥力，故$B$利于环境保护；
$C$.垃圾分类回收，能减少资源浪费，还能减少环境污染，故$C$利于环境保护；
$D$.废弃电池进行深埋处理，电池中含有的重金属易污染土壤和水源，因此废气电池需要进行回收处理，减少和防止土壤、水源污染，利于保护生态，故$D$不利于环境保护。
故选：$D$。