C

$A$、①水中只含一种物质，属于纯净物，碘酒中含有碘和酒精，属于混合物，分类不正确；②氯化钠中含有钠、氯两种元素，属于化合物，红磷中只含磷一种元素，属于单质，分类不正确，故$A$不正确。
$B$、①元素符号右下角的数字表示分子中原子个数，则$H_{2}O$中的“$2$”表示一个水分子中含有两个氢原子，不正确；②元素符号右上角的数字表示离子所带电荷数，则$Ba^{2+}$中的“$2$”表示一个钡离子带两个单位正电荷，正确，故$B$不正确。
$C$、①二氧化硫会引起酸雨，则使用脱硫煤，会较少酸雨的产生，正确；②合理使用农药，能减少水体污染，正确，故$C$正确。
$D$、①将煤作成蜂窝状，能增大煤和氧气的接触面积，使燃烧更充分，正确；②肥皂水能区分硬水和软水，明矾不能，不正确，故$D$不正确。
故选：$C$。