B,D

$A$.过滤是将固体和液体分离的操作，只能除去不溶性杂质，不能除去天然水中溶解的矿物质，故$A$正确；
$B$.均一、稳定的液体不一定是溶液，例如水是均一、稳定的液体，但水是纯净物不是溶液，溶液是混合物，故$B$错误；
$C$.水的天然循环是通过水的三态（固态、液态、气态）变化实现的，故$C$正确；
$D$.根据质量守恒定律，化学反应前后原子的种类和数目不变，绿色植物通过光合作用是将二氧化碳和水转化为有机物和氧气，氧原子总数不变，故$D$错误；
故选：$BD$。