B

$A$、该变化没有新物质生成，发生的属于物理变化，因此变成淡水的过程中水分子的种类没有发生改变，故$A$说法正确；
$B$、该过程中水分子之间的间隔改变，水分子大小不变，故$B$说法错误；
$C$、该过程中用到的是蒸馏的方法，故$C$说法正确；
$D$、分子总是在不断运动的，故$D$说法正确。
故选：$B$。