D

$A$、研制农药防治病虫害，属于研究、制取新物质，属于化学研究的范畴，故选项错误。
$B$、研制新冠疫苗，属于研究、制取新物质，属于化学研究的范畴，故选项错误。
$C$、新型防火材料的研制，属于研究、制取新物质，属于化学研究的范畴，故选项错误。
$D$、神舟十三号飞船飞行轨道的设定，属于物理学领域研究的内容，不属于化学研究的范畴，故选项正确。
故选：$D$。