D

$A$、实验$1$中，二氧化碳与氢氧化钙反应生成碳酸钙沉淀和水，有新物质生成，发生的属于化学变化，选项说法错误；
$B$、实验$1$中，呼出气体能使澄清石灰水变浑浊，说明呼出气体中含有二氧化碳，该实验缺乏对比实验，无法得出呼出气体中的二氧化碳含量比空气中的高，选项说法错误；
$C$、呼出气体中氧气的含量低于空气中氧气的含量，因此实验$2$中呼出气体中燃着的木条比空气中燃着的木条燃烧时间短，选项说法错误；
$D$、实验$2$中，燃着的木条在空气中继续燃烧，在呼出气体中很快熄灭，说明呼出气体中氧气含量比空气中的低，选项说法正确；
故选：$D$。