B,C

$A$.金刚石和石墨都是由碳元素组成的单质，它们性质的差异是由碳原子的排列方式不同，故$A$正确；
$B$.单质是由一种元素组成的纯净物，所以含一种元素的纯净物一定是单质，故$B$错误；
$C$.物质与氧气发生的反应是氧化反应，但不一定是化合反应，例如甲烷燃烧生成水和二氧化碳，是氧化反应但不是化合反应，故$C$错误；
$D$.氧元素在自然界中的循环，在光合作用、呼吸作用等天然转化，工业制氧等人工转化以及生命活动中都广泛存在，故$D$正确；
故选：$BC$。