D

由题目信息和质量守恒定律可知，二氧化碳和氢气在催化剂作用下反应生成甲醇和水，化学方程式为：$CO_{2}+3H_{2}\frac{\underline{\;催化剂\;}}{\;}CH_{3}OH+H_{2}O$。
$A$、由催化剂的概念可知，催化剂可以改变化学反应速率，故$A$正确；
$B$、由分子结构模型可知，每个丙分子是由$2$个氢原子和$1$个氧原子构成的，则丙的化学式为$H_{2}O$，故$B$正确；
$C$、由丁的分子结构模型可知，丁物质的化学式为$CH_{3}OH$，因此丁中含有$3$种元素，故$C$正确；
$D$、由化学方程式可知，参加反应的甲$(CO_{2})$、乙$(H_{2})$的分子个数比为$1:3$，故$D$错误。
故选：$D$。