C

$A$、化学变化有新物质生成，物质的种类一定发生了改变，故选项错误。
$B$、化学变化的实质是分子分成原子，原子再重新组合成新分子，分子的种类一定发生了改变，故选项错误。
$C$、化学变化的实质是分子分成原子，原子再重新组合成新分子，原子种类一定不变，故选项正确。
$D$、化学变化的实质是分子分成原子，原子再重新组合成新分子，分子的数目可能或发生改变，也可能不变，故选项错误。
故选：$C$。