B

$A$、图$A$表示同种原子直接构成的单质，故选项错误；
$B$、由两种或两种以上的元素组成的纯净物叫化合物，图$B$是由不同原子构成的同种分子，表示化合物，故选项正确；
$C$、图$C$表示同种原子构成的分子，该分子构成单质，故选项错误；
$D$、图$D$表示一种单质和一种化合物组成的混合物，故选项错误。
故选：$B$。