A

$A$、水是由非金属元素组成的化合物，是由水分子构成的；二氧化碳是由非金属元素组成的化合物，是由二氧化碳分子构成的，故选项正确。
$B$、氯化钠是含有金属元素和非金属元素的化合物，是由钠离子和氯离子构成的；臭氧属于气态非金属单质，是由臭氧分子构成的，故选项错误。
$C$、木炭的主要成分是碳，碳属于固态非金属单质，是由碳原子直接构成的；氧化汞是由氧化汞分子构成的，故选项错误。
$D$、氦气属于稀有气体单质，是由氦原子直接构成的；氮气属于气态非金属单质，是由氮分子构成的，故选项错误。
故选：$A$。