A

$A$、石墨中分离出单层的石墨烯，该过程中分子没有破裂，原子没有重组，解决问题的思路与能解决的问题不一致，故$A$符合题意；
$B$、回收雨水，再利用，可解决城市内涝，节约用水，解决问题的方法与能解决的问题一致，故$B$不符合题意；
$C$、合成新药物能抑制细菌、病毒，保障健康，解决问题的思路与能解决的问题一致，故$C$不符合题意；
$D$、将不同类别材料优化组合，能制得性能优越的复合材料，解决问题的思路与能解决的问题一致，故$D$不符合题意。
故选：$A$。