C

$A$、溴麝香草酚蓝是由碳、氢、氧、硫、溴五种元素组成的，故选项说法正确。
$B$、溴麝香草酚蓝的相对分子质量是$12\times 27+1\times 28+16\times 5+32\times 1+80\times 2=624$，故选项说法正确。
$C$、溴麝香草酚蓝是由溴麝香草酚蓝分子构成的，$1$个溴麝香草酚蓝分子中有$27$个碳原子、$28$个氢原子、$5$个氧原子、$1$个硫原子、$2$个溴原子，故选项说法错误。
$D$、溴麝香草酚蓝是由碳、氢、氧、硫、溴五种元素的质量比为$\left(12\times 27\right):\left(1\times 28\right):\left(16\times 5\right):\left(32\times 1\right):\left(80\times 2\right)=81:7:20:8:40$，则溴麝香草酚蓝中氢元素的质量分数最小，故选项说法正确。
故选：$C$。