C

$A$、飞行控制系统的研发是信息技术研究的内容，故$A$错；
$B$、飞行轨道的设定是物理研究的内容，故$B$错；
$C$、飞行器的主要材料，属于研究新的物质，属于化学研究的内容，故$C$正确；
$D$、飞行时长的设置是物理研究的内容，故$D$错。
故选：$C$。