D

由题目信息和质量守恒定律可知，该反应的方程式为：二氧化碳和氢气在催化剂作用下反应生成甲醇和水，反应的化学方程式为：$CO_{2}+3H_{2}\frac{\underline{\;催化剂\;}}{\;}CH_{3}OH+H_{2}O$。
$A$、由微粒的变化可知，分子在化学变化中可再分，故说法错误；
$B$、由质量守恒定律可知，反应后原子的数目不变，故说法错误；
$C$、由上述反应可知，丁的化学式为$H_{2}O$，故说法错误；
$D$、由化学反应的实质以及微观反应示意图可知，化学反应前后原子的种类不变，故说法正确。
故选：$D$。