A

$A$、小刀剔除铁器表面锈层的过程中没有新物质生成，属于物理变化，故选项正确。
$B$、稀盐酸除去瓷器表面碳酸钙，稀盐酸与碳酸钙反应生成氯化钙、水和二氧化碳，该过程中有新物质生成，属于化学变化，故选项错误。
$C$、氢氧化钙溶液封护酥松的石质文物，氢氧化钙可能会与石质文物中的某些成分反应，形成更为坚固的保护层，有新物质生成，属于化学变化，故选项错误。
$D$、碱性溶液除去纸质文物中的酸，酸和碱性物质发生化学反应，有新物质生成，属于化学变化，故选项错误。
故选：$A$。