D

$A$.如果说温泉水中含有硒、锶原子，这种说法不太准确。因为原子是微观概念，在水中硒、锶不是以单个原子的形式存在的，故$A$错误；
$B$.同理，说含有硒、锶离子也不准确，虽然在某些化合物中硒、锶会以离子形式存在，但这里强调的是有益健康的化学成分，用离子来描述不太全面，故$B$错误；
$C$.分子也不合适，因为硒、锶在这里不是以分子形式存在于温泉水中的，故$C$错误；
$D$.元素是宏观概念，用来描述物质的组成，温泉水中含有硒、锶等有益人体健康的化学成分，这里的“硒、锶”指的是元素，表示水中含有硒元素和锶元素这种成分，故$D$正确；
故选：$D$。