C

$A$.单质是由同种元素组成的纯净物。奶粉中的钙、铁不是以单质形式存在的，因为单质钙、铁化学性质活泼，不能直接添加到奶粉中，故$A$错误；
$B$.原子是化学变化中的最小粒子。这里说奶粉中含有钙、铁，不是指钙原子、铁原子，故$B$错误；
$C$.奶粉配方中的钙、铁是指钙元素和铁元素，它们以化合物的形式存在于奶粉中，故$C$正确；
$D$.分子是保持物质化学性质的最小粒子。钙、铁不是以分子形式存在于奶粉中的，故$D$错误；
故选：$C$。