C

$A$、建设高楼大厦使用了许多金属材料，金属材料是通过化学变化制造出来的，故$A$错；
$B$、研制航天飞船外层耐高温涂料，属于制造新的物质，与化学有关，故$B$错；
$C$、“问天一号”飞行轨迹的追踪，属于物理研究的内容，故$C$正确；
$D$、可燃冰将成为未来新能源，新能源的开发，属于化学研究的内容，故$D$错。
故选：$C$。