D

$A$、生活上，逐步实现生活污水集中处理和排放，可以防止水资源的污染，有利于“深入贯彻新发展理念，推进水资源集约安全利用”，故$A$不合题意；
$B$、园林浇灌采用喷灌、滴灌可以节约用水，有利于“深入贯彻新发展理念，推进水资源集约安全利用”，故$B$不合题意；
$C$、农业上，适量使用化肥和农药，可以防止水体污染，有利于“深入贯彻新发展理念，推进水资源集约安全利用”，故$C$不合题意；
$D$、工业废水中含有有害物质，必须经处理达标后在排放，不能将工业废水直接注入河流，否则不利于“深入贯彻新发展理念，推进水资源集约安全利用”，故$D$符合题意。
故选：$D$。