C,D

$A$、天然水跟空气、土壤长期接触不会造成水的污染，故$A$错误；
$B$、水生植物大量繁殖，海水大量蒸发，不会造成水的污染，故$B$错误；
$C$、城市生活污水的排放，农业生产中大量使用化肥农药造成了水的污染，故$C$正确；
$D$、工业生产中的废渣、废水、废气的排放造成了水的污染，故$D$正确。
故选：$CD$。