D

$A$、某冶炼厂将尾气直接排放到空气，该做法会污染空气，不符合绿色化学观念，故$A$错；
$B$、执法部门将收缴的假冒伪列商品焚烧，该方法虽然能消除侵权行为，但是焚烧这些假冒商品，不仅是浪费，还会产生有害气体严重污染环境，不科学，故$B$错；
$C$、含磷洗涤剂，流失的洗涤剂，由于含有磷元素，会使水中藻类疯长，导致水中生态被破坏，也不符合绿色化学的观点，故$C$错；
$D$、开发新型燃氢汽车，以氢气作燃料是没有污染的，因为氢气燃烧后产物是水，而且放热多，水分解又能产生氢气，所以氢气是最理想的环保燃料，故$D$正确。
故选：$D$。