B

$A$、碳酸氢铵$(NH_{4}HCO_{3})$、氯化铵$(NH_{4}Cl)$和尿素$[CO(NH_{2})_{2}]$三种物质中加熟石灰无刺激性气味的尿素，而碳酸氢铵和氯化铵中含有铵根离子会和熟石灰反应产生刺激性气味的氨气，故$X$是尿素正确；
$B$、在实验$Ⅰ$加熟石灰是氢氧根离子与铵根离子的反应，在实验$Ⅱ$中加稀盐酸是从碳酸氢铵和氯化铵的阴离子方面来区分，所以两者的样品没有另取也不影响检验结果。故说法错误；
$C$、因为碳酸氢铵能与盐酸反应产生氯化铵、水、二氧化碳，氯化铵与盐酸不反应，所以$Y$物质为碳酸氢铵，故说法正确；
$D$、因为碳酸氢铵、氯化铵都是铵态氮肥，但是碳酸氢铵常温能分解产生刺激性气味的氨气，而氯化铵常温不分解。所以能采取闻气味的方法鉴别，故说法正确。
故选：$B$。