D

$A$、酒精灯使用完毕，要盖上灯帽，故$A$错；
$B$、天平使用完毕，要将砝码放到砝码盒里面，游码归零，故$B$错；
$C$、胶头滴管使用完毕，不能横放在桌面上，要放在小烧杯中，故$C$错；
$D$、试管清洗完毕，要倒扣在试管架上，故$D$正确。
故选：$D$。