C

$A$、地气（水蒸气）上为云，天气下为雨，体现自然界中的水循环，故正确；
$B$、通过水的天然循环能实现水资源的重新分配和水的自身净化，故正确；
$C$、水的三态变化是分子之间间隔发生变化，分子本身不变，故错误；
$D$、在水的天然循环中，只是水的状态发生了变化，并没有生成新物质，属于物理变化，此过程中：水分子的能量发生了改变；水分子的运动速率发生了改变；水分子之间的间隔发生了改变；水分子的构成没有改变，故正确；
故选：$C$。