A

$A$.水的天然循环中水分子不发生变化，由于该过程中，水的温度发生变化，水分子的能量发生变化，故错误；
$B$.水的天然循环是通过其三态变化实现的，故正确；
$C$.自然界中水的天然循环过程中只是水的三态发生变化，由于没有新物质生成，属于物理变化，故正确；
$D$.水的天然循环完成了水资源的重新分配，故正确。
故选：$A$。