D

$A$、地壳中元素含量由多到少前四种元素是氧、硅、铝、铁，故选项模型错误。
$B$、原子核由质子和中子构成，模型中质子不在原子核内，故选项模型错误。
$C$、微观上物质是由分子、原子和离子构成的，分子可以分裂成原子，原子可以构成分子，原子得失电子变成离子，离子通过电子的得失会变回原子，但是分子、原子、离子都可以构成物质，故选项模型错误。
$D$、钠原子失去电子形成钠离子，钠离子得到电子形成钠原子，故选项模型正确。
故选：$D$。