D

$A$、地壳中各元素的含量由高到低依次为氧、硅、铝、铁等，铝的含量高于铁的含量，选项错误；
$B$、物质分为混合物和纯净物，一种物质要么是纯净物、要么是混合物，而化合物属于纯净物，选项错误，
$C$、原子是由原子核和电子构成的，原子核是由质子和中子构成的，选项错误；
$D$、物质与氧发生的反应属于氧化反应，由两种或两种以上物质反应生成一种物质的反应，属于化合反应。有些反应是氧化反应，但不是化合反应，如甲烷与氧气反应生成二氧化碳和水，有些反应是化合反应，但不是氧化反应，如氧化钙与水反应生成氢氧化钙，有些反应既是氧化反应，又是化合反应，如氢气与氧气燃烧后生成水，两者属于交叉关系，选项正确。
故选：$D$。