D

$A$.地壳中前四种元素由高到低依次为氧、硅、铝、铁，故该选项不正确；
$B$.物质可分为纯净物和混合物，纯净物可分为单质和化合物，化合物分为有机化合物和无机化合物，无机化合物又分为氧化物、酸、碱、盐，故该选项不正确；
$C$.空气中的成分是按体积分数计，氮气约占空气$78\%$，氧气约占$21\%$，而不是质量分数，故该选项不正确；
$D$.物质是由元素组成，是由分子、原子、离子构成，且分子是由原子构成，故该选项正确；
故选：$D$。