A

$A$.化合物的定义就是由不同种元素组成的纯净物，所以由不同种元素组成的纯净物一定是化合物，故$A$正确；
$B$.带电的微观粒子不一定都是离子，例如电子也是带电的微观粒子，但它不是离子，故$B$错误；
$C$.元素周期表中第Ⅷ族包含三个纵列，所以虽然有$18$个纵列，但族的数量是$16$个，故$C$错误；
$D$.物质不都是由分子构成的，例如金属是由原子构成的，氯化钠是由离子构成的，故$D$错误；
故选：$A$。