D

①离子是带电的原子或原子团，但是带电的粒子不一定是离子，例如电子也带电，但不是离子，故①错误；
②在化学反应中，分子可以再分，原子不能再分，不在化学反应中，原子是还可以继续分成原子核和核外电子，故②错误；
③化学变化伴随着能量的变化，但有能量变化的不一定是化学变化，也可能是物理变化，如氢氧化钠溶于水放热，故③正确；
④化合物都是由不同种元素组成的，但不同种元素组成的物质不一定是化合物，也可能是混合物，如空气，故④错误。
故选：$D$。